理系にゅーす

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万能細胞

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1: こたつねこ◆AtPO2jsfUI 2014/03/13(木)10:23:16 ID:SdtfBUDEg
コピペも見抜ける？　STAP細胞問題で活躍、テキスト比較ツール「デュフフ」とは

新型万能細胞「STAP細胞」論文に不自然な点が相次いで指摘されている問題に関連し、テキストの差分を比較できる日本語対応ツール「difff」（デュフフ、正式表記は半角カナ）が脚光を浴びている。フォームに2種類のテキストを入力するだけで、両テキストの異なる部分に色を付けて分かりやすく表示。“コピペ”を見抜くのにも役立つ。

STAP細胞問題では、理化学研究所の小保方晴子氏の博士論文が米国立衛生研究所のWebサイトに掲載されている文章と酷似しているとの指摘があり、2つの文書を「difff」を使って比較したURLがTwitterなどで出回った。

difffは、2つのテキストの差分を検出して表示するサイトで、内部ではUNIXのdiffコマンドを利用しているとのこと。開発した@meso_cacaseさんは生物学の研究者。大学院生だった2004年、論文執筆時に共著者による修正がすぐ分かるツールとして、生物学の研究とは無関係に自分のために開発したという。

↓全文を読む場合は以下をクリック↓
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1403/12/news121.html

ITmedia ニュース　岡田有花　2014年03月12日 19時01分

≡ﾟωﾟ)　ITMediaは画像にリンクできないから画像は省略したよ～。

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「２項目は不正なし」＝重要画像は「酷似」—ＳＴＡＰ細胞で中間報告・理研
【引用元：2014年 3月 14日 15:48 JST 更新　ウォール・ストリート・ジャーナル】


0: 理系ニュース∞0000/0/0(水) 00:00:00.00 ID:rikeinews

今日のミヤネ屋で記者会見見てたけど、画像の切り貼りやら他の論文の写真と全く同じ写真などが使われてましたね。

タイトルにもあるように2項目はあやしい部分はあるけど不正はないとのことなので、STAP細胞の望みはまだあるのでしょうか・・・

調査を継続するとのことですので、もしかしたらこの先新たな事実が発覚するかもしれませんが。



そういえば、こちらの記事では、論文の下書きで文章等が訂正や引用もないままそのまま残っていると言ってましたし、真実はもうしばらく先になりそうですね。

「下書きで使った物が残っている」―小保方氏、博士論文巡る疑惑で
【引用元：2014年 3月 14日 13:44 JST　ウォール・ストリート・ジャーナル】


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ＳＴＡＰ細胞論文、共著者の米教授が撤回に難色
【引用元：（2014年3月12日13時08分  読売新聞）】


0: 理系ニュース∞0000/0/0(水) 00:00:00.00 ID:rikeinews

小保方さんの共同研究者である山梨大学の若山教授は論文を一回撤回して、外部の人に検証してもらった方が良いと言ってますね。

でも今回は共著者であるハーバード大学のバカンティ教授が「論文に問題はない！」みたいな事を言ってますし・・・

STAP細胞の再現が出来ないという情報が上がってから、こういう情報が上がるたびに雲行きが怪しくなってると思っていましたが、実際は小保方さんの過去の論文に盗用があったとかの疑問ばかりでそこまで事態は進展してないんですよね。

今はSTAP細胞や論文の検証の最中でしょうから時間がかかるのは当然ですよね。

一刻も早くこの問題が解決されることを願っております。

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ＳＴＡＰ細胞 確信なくなった
（引用元：NHK　NEWS　WEB）

0: 理系ニュース∞0000/0/0(水) 00:00:00.00 ID:rikeinews
 
最初にこのSTAP細胞が発表された時は、なんて「画期的な 技術が出来たんだ」と思っていましたがだんだんと雲行きが怪しくなってきましたね。

理系にゅーすの方で、こういう記事も【速報】ＳＴＡＰ細胞　小保方氏、再現実験に成功（※理研）紹介しましたが、今回は共同研究者である山梨大学の若山照彦教授が自らこれを否定したってことですかね・・・

ここまで来たら確かに、教授の言う通りいったん論文を取り下げて外部の人に検証してもらうのがいいんでしょうか？

とにかく本当だったら素晴らしい技術なので、私は小保方さんの論文が正しい事を信じています！




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1: チリ人φ ★ 2014/03/10(月) 01:08:39.84 ID:???
発表当初は大きく報道されながら、論文上の様々な問題点や相次ぐ追試失敗により、存在自体に疑惑が持たれていたSTAP細胞。理研からの「実験手技解説」発表で、騒動は追試結果が出揃うまで一段落したかに思えたが、論文自体にまた新たな疑惑が発覚したようだ。

3/9付けで、ブログに、STAP論文と、小保方晴子・理研ユニットリーダーの博士論文の図が酷似しているとの指摘が図入りで掲載された。このブログの筆者は匿名だが、論文の捏造疑惑指摘で有名なブログであり、日本分子生物学会会長らが今回の指摘を紹介し、コメントしている。

大隅典子・日本分子生物学会会長は、ツイッターで「なんだか、とても悲しくなってきました…」と嘆息。

中辻憲夫・京大物質－細胞統合システム拠点拠点長はツイッターで「底なし沼？」と一言。

野尻美保子・高エネルギー加速器研究機構素粒子原子核研究所教授も、上記ブログの指摘をリツイートした後、「控え目にみても休職だとおもうし、理研の共著者が気がつかなったかったというなら、証拠を示せといいたい。論文リトラクトしないなら、ネーチャーが取り消せばよい」と、厳正な処分を要求。

STAP細胞の追試に初めて成功したかと思われたものの、後に死細胞の発光と判明し撤回した関由行・関西学院大理工学部生命科学科専任講師は、「STAP細胞の実験を始めたときのあのワクワク感は何だったんだろう。。。」と失望を示し、自身の実験に専念するとした。


なお、上記ブログが転用を指摘した画像は、サイエンスライターの片瀬久美子氏が「STAP細胞の多能性を示した肝心のデータ」と認める通り、STAP細胞が、脊椎動物などの身体を構成する三種類の胚葉全てに分化しうる＝多能性を有する、と示すために重要な「テラトーマ」の画像である。テラトーマとは、三種類の胚葉の成分全てを含む腫瘍のこと。ある細胞からテラトーマが発生するならば、三種類の胚葉全て、すなわち全身の様々な細胞に分化する能力＝多能性を有する証拠の一つとして扱われる。ノーベル賞に輝いた山中教授のiPS細胞でも、このテラトーマの形成を多能性の証拠の一つとして挙げている。

STAP論文でこれまで指摘されてきた疑惑は、論文中に掲載された画像の重複使用であったり、実験方法の記述の無断転載であったりしたため、論文の根幹に関わるものではないとの指摘もあった。STAP幹細胞が体細胞由来ではないとの指摘にも、元となるSTAP細胞の体細胞由来説まで否定されたわけではないとの反論もある。

だが、このテラトーマの画像の転用が事実ならば、STAP細胞論文の信憑性が大きく揺らぐことになりそうだ。
理研の調査報告が待たれる。
(文責：チリ人φ★)


大隅典子・日本分子生物学会会長
https://twitter.com/sendaitribune/status/442635322040811520
中辻憲夫・京大物質－細胞統合システム拠点拠点長
https://twitter.com/norionakatsuji/status/442557720118321153
野尻美保子・高エネルギー加速器研究機構素粒子原子核研究所教授
https://twitter.com/Mihoko_Nojiri/status/442636002004172801
関由行・関西学院大理工学部生命科学科専任講師
https://twitter.com/yoshiyuki_seki/status/442568227864866816
https://twitter.com/yoshiyuki_seki/status/442570791939350529
片瀬久美子博士(サイエンスライター)
https://twitter.com/kumikokatase/status/442575211070623744


匿名ブログに掲載された画像
STAP論文の図2eと、2011年発表の博士論文の図14が酷似しているとの指摘
http://2.bp.blogspot.com/-oh3E_LK3egM/UxwOpCvs1MI/AAAAAAAABDk/r2kN6CQfVEM/s1600/NatureandD.jpg
STAP論文の図2dと、2011年発表の博士論文の図11が酷似しているとの指摘
http://4.bp.blogspot.com/-ZkDbxjMYii8/UxweAFzZ_XI/AAAAAAAABD0/72MS77QaNso/s1600/NatureAndD2.jpg
新たな転用疑惑が指摘されたSTAP細胞論文
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
iPS細胞とテラトーマ
http://www.lifescience.mext.go.jp/download/42nd/42-1.pdf

STAP細胞論文にまた新たな疑惑…博士論文から多能性の証拠となる画像を転用か　日本分子生物学会会長らが失望の声の続きを読む
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1 ：チリ人φ ★ 2014/03/07(金) 02:49:41.16 ID:???
発表当初は大きく報道されながら、論文上の様々な問題点や相次ぐ追試失敗により、存在自体に疑惑が持たれていたSTAP細胞。その疑惑を払拭する為、理研が5日に公開した「実験手技解説」の記述に関して、慶應大の吉村教授(免疫制御)がホームページ上で新たな問題点を提起した。

開示された文章に「STAP幹細胞にはTCR再構成のあとはない」と記されていたのを根拠に、論文要旨にある「酸刺激によって体細胞が多能性を持つように誘導した」とする説明に疑問を呈し、酸処理によって元からある多能性細胞を選び出しただけの可能性が否定出来ないことを指摘している。


TCRとは、免疫を司る細胞の一つ「T細胞」が細胞膜表面に出している受容体のこと。T細胞はこの受容体を通して病原体の一部を「抗原」として認識することで活性化し、増殖して体の防御反応の亢進に関与する。
多種多様な病原体に対応するため、T細胞は受容体に関する自らの遺伝子を組み換えていることが知られており、この現象が「TCR再構成」と呼ばれている。余談だが、同じく免疫を司る「B細胞」でも、多種多様な病原体に対応するために遺伝子組み換えが起きており、そのメカニズムを解明してノーベル賞を獲得したのが利根川進博士である。

もし、STAP論文が主張するように、酸刺激によって分化済みの細胞(体の各組織の細胞)が多能性を獲得したのであれば、T細胞由来のSTAP幹細胞には、T細胞時代の痕跡、すなわちTCR再構成によって再構成された遺伝子配列が存在するはずである。しかしながら、理研から新たに開示された文章では、「8個のクローン中、TCR再構成の痕跡が認められたのは0個」と記されていた。すなわち、後出しの文章で、分化済みの細胞からSTAP細胞を作成したとする根拠が成り立っていないことを認めた形と言える。

分化済みの体細胞に何らかの手段で多能性を獲得させることの利点は、iPS細胞研究の発展が示す通り。
患者自身の体細胞から多能性幹細胞という段階を経て各臓器の成熟細胞に分化させ、拒絶反応のない人工組織や臓器の作成、あるいは難治性の疾患の病態機序解明に利用出来ることが見込まれるのである。

だが、iPS細胞は体細胞に特定の遺伝子を導入して作成されるため、癌化の可能性を完全には否定出来ない。
遺伝子を導入することなく体細胞に多能性を獲得させられるというSTAP細胞は、iPS細胞の欠点を克服出来る可能性が期待されたからこそ、STAP論文発表は大騒ぎとなった。だが、生まれてすぐの期間にのみ存在する多能性細胞がSTAP細胞の正体だったならば、それ自体は一つの発見だが、iPS細胞に取って代わる可能性は低くなってしまう。


吉村教授が引用したブログによると、増殖能を持ち医療応用可能なSTAP幹細胞だけでなく、元となるSTAP細胞のDNA配列情報にもTCR再構成の痕跡がないとのことで、教授は、もし事実ならと前置きした上で、論文の図と明らかに矛盾すること、多能性誘導説がますます弱くなることにも言及している。

STAP細胞への相次ぐ疑惑も、実験手技解説が公開され、小保方博士自身の追試成功によって一段落するかに見えたが、まだ続きそうな気配である。
(文責：チリ人φ★)

元ネタのブログ
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=348


理研の実験手技解説
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/pdf/14/protocol_exchange_v1.pdf

体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見 | 60秒でわかるプレスリリース | 理化学研究所
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20140130_1/digest/
体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見 | 理化学研究所
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20140130_1/
MUSE細胞(成人ヒトの間葉系組織から発見された多能性幹細胞)
http://www.stemcells.med.tohoku.ac.jp/outline/

記者注：TCR再構成の説明を大幅に簡略化したので、詳しくはこちらをどうぞ
Ｔ細胞の分化と機能
http://www.genome.tokushima-u.ac.jp/dei/tcellreview.html


STAP幹細胞は酸刺激で多能性を獲得した細胞ではない？理研が公開した実験手技解説が要旨と矛盾？慶應大教授が新たな問題点指摘の続きを読む
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